1972 йилда Тошкент автомобил-йўллар институти ташкил этилди ва шу билан бирга “Автотранспорт факультети ҳам ташкил топди. Факультетда шу даврдан бошлаб, “Автомобиллар ва автомобил хўжалиги” йўналиши бўйича муҳандислар тайёрлана бошланди. Факультетнинг биринчи декани т.ф.н. доц. А.М.Багдасаров (1972…1974 йй.). Факультетга турли йиллар давомида қуйидагилар раҳбарлик қилди. Т.ф.н. доц. Х.М. Юсупалиев (1974…1979 йй.),  т.ф.н. доц. Н.Н.Маннанов (1979 …1984 йй.),   т.ф.н. доц. Г.Н. Махмудов  (1984…. 1999 йй.), т.ф.н. доц. Б. Камильджанов (1999…2008 йй.),  т.ф.н. доц. Г.Н. Махмудов  (2008…. 2010 йй.), т.ф.н., доц. Р.М.Хакимов (2010…2016 йй.), З.Т. Усмонов (2016…2018 йй.), Phd К.З. Зияев (2018…2019 йй.), А.Г. Икромов (2019…2020 йй.), 2020 йил август ойидан  факультет декани вазифасини     Б.Д. Ибрагимов бажариб келмоқда.

Ўзбекистон Республикаси Президентининг 26.08.2016 йилдаги “Автомобиль йўлларини лойиҳалаш, қуриш ва эксплуатацияси соҳасида кадрлар тайёрлашни такомиллаштириш чора-тадбирлари тўғрисида”ги ПҚ-2580-сонли Қарори билан институт “Тошкент автомобил йўлларини лойиҳалаш, қуриш ва эксплуатацияси институти” номи билан қайта ташкил этилди ва институт структураси тасдиқланди. Тасдиқланган структурага асосан “Автомобил транспорти эксплуатацияси”, “Ер усти транспорт тизимлари” ва “Транспорт ва транспорт коммуникациялари бошқаруви” факультетлари ўзаро бирлашиб,  “Автомобил транспорти ва транспорт тизимлари эксплуатацияси факультети” номи билан ташкил этилди.

2017-2018 ўқув йилида факультет номи “Йўл қурилиш машиналари ва автомобил транспорти эксплуатацияси” деб ўзгартирилди.

Ўзбекистон Республикаси Президентининг 04.05.2020 йилдаги          ПҚ-4703-сонли “Транспорт соҳасида кадрлар тайёрлаш тизимини тубдан такомиллаштириш чора-тадбирлари тўғрисида”ги Қарори билан янги ташкил этилган Тошкент давлат транспорт университетининг факультет ва кафедралар ташкилий тузилмасига кўра, факультет “Автомобиль транспорти муҳандислиги” факультети деб номланди.

Ҳозирги кунда факультет битирувчилар кўплаб йўл хўжалиги ва автотранспорт тармоғи корхоналарида раҳбарлик лавозимларида фаолият юритмоқда. Ўзбекистон Республикаси Транспорт вазирлиги ва унинг қошидаги Автомобиль йўллар қўмитаси таркибидаги корхоналар, Навоий ва Олмалиқ кон-металлургия комбинатлари таркибидаги корхоналар, “Узавтосаноат” АЖ ва унинг таркибидаги диллерлик марказлари ҳамда бир қатор йирик соҳанинг хусусий корхоналари шулар жумласидандир.  Факультет кафедралари томонидан юқори малакали кадрларни тайёрлаш, илмий-тадқиқот ишларини шакллантиришда ривожланган хорижий олий ўқув юртлари билан ҳамкорлик қилиб келинмоқда.

Факультет профессор-ўқитувчилари томонидан шу кунгача 100 дан ортиқ дарслик ва ўқув қўлланмалар, кўплаб услубий қўлланмалар, 500 дан ортиқ патент ва муаллифлик гувоҳномалари ва 100 га яқин монографиялар чоп эттирилди.

Ҳозирги кунда факультетда 968 нафар бакалавриат талабалари ва 100 нафардан ортиқ магистрантлар таҳсил олишмоқда.