Transport xalq – xo‘jaligining boshqa tarmoqlari 1960 yildan boshlab iqtisodchi mutaxassislarga katta talab ko‘paydi. 1965 yilda institut rektori M.F. Prasolov va M.N. Belenkiy rahbarligida yangi “Muhandislik – iqtisodiyot” fakulteti tashkil qilindi. Yangi tashkil topgan fakultetga iqtisod fanlar doktori, professor
M.N. Belenkiy fakultet dekani va dekan o‘rinbosari etib iqtisod fanlar nomzodi, dotsent M.N. Odilov tayinlandi.

1989 yilda muhandislik iqtisodiyot fakulteti “Tashish ishlarini boshqarish” fakulteti tarkibiga kirgan bo‘lsa, 1998 yilda yana mustaqil fakultet sifatida ajralib chiqib, hozirda Iqtisodiyot fakulteti deb nomlanadi.

Fakultetda tarkibida uchta kafedra muvaffaqiyatli faoliyat yuritib kelmoqda. Ular “Iqtisodiyot”, “Buxgalteriya hisobi” va “Transportda axborot tizimlari” kafedralari ixtisoslashgan-mutaxassislar tayyorlovchi kafedralaridir.

Mazkur kafedralarda 80 nafarga yaqin professor-o‘qituvchilar faoliyat yuritayotgan bo‘lib, ularning
57 foizdan ko‘prog‘ini ilmiy unvon va darajaga ega, yetuk pedagog-olimlar tashkil etadi.
Fakultet respublikamizning transport sohasi va iqtisodiyotning boshqa sohalari uchun olti yo‘nalish “Iqtisodiyot”, “Menejment” (temir yo`l transportida), “Marketing” (temir yo`l transportida), “Buxgalteriya hisobi va audit” (temir yo`l transportida), “Informatika va informatsion texnologiyalar” (temir yo`l transportida), Ishlab chiqarishni tashkil etish va boshqarish (Avtomobil transporti) bo‘yicha bakalavrlar va “Tarmoq iqtisodiyoti” mutaxassisligi bo‘yicha magistrlar tayyorlab kelmoqda. Tahsil olayotgan talabalar soni 600  nafarga yaqin.

O‘tgan yillar davomida fakultet tomonidan iqtisodiyot va boshqaruv, moliya va buxgalterlik hisobi, transport qurilishi, moddiy-texnik ta’minot va mehnat iqtisodiyoti, transport ishini tashkil etish va rejalashtirish, yangi informatsion texnologiyalarni loyihalashtirish, yaratish va foydalanish sohalari bo‘yicha mutaxassislar tayyorlanib kelmoqda.

O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining “TRANSPORT SOHASIDA KADRLAR TAYYORLASH TIZIMINI TUBDAN TAKOMILLASHTIRISH CHORA-TADBIRLARI TO‘G‘RISIDA”  PQ-4703 sonli qarori bilan Respublika transport sohasi uchun yuqori malakali kadrlarni tayyorlash tizimini ilg‘or xorijiy tajriba va xalqaro standartlar asosida tubdan takomillashtirish, o‘quv jarayoniga o‘qitishning innovatsion shakl va metodlari hamda zamonaviy pedagogik va axborot texnologiyalarini keng joriy etish, shuningdek, tarmoq ta’lim muassasalarining moddiy-texnika bazasini mustahkamlash va ilmiy salohiyatini yanada oshirish maqsadida O‘zbekiston Respublikasi Transport vazirligi,
Oliy va o‘rta maxsus ta’lim vazirligi hamda “O‘zbekiston temir yo‘llari” aksiyadorlik jamiyatining Toshkent temir yo‘l muhandislari instituti, Toshkent avtomobil yo‘llarini loyihalash, qurish va
ekspluatatsiyasi instituti hamda Toshkent davlat texnika universitetining aviakosmik texnologiyalari fakulteti negizida Toshkent davlat transport universitetini tashkil etildi.

Toshkent davlat transport universitetining iqtisodiyot fakulteti jamoasi “O‘zbekiston temir yo‘llari” AJ va O‘zbekiston Respublikasi Avtomobil yo‘llari davlat qo‘mitasi uchun yetuk mutaxassislar tayyorlashdan tashqari, transportda Moliya va buxgalterlik hisobi, Iqtisodiyot va prognozlashtirish, Lokomotivlardan va avtomobillardan foydalanish, Vagon xo‘jaligi va boshqarmalari, Axborot hisoblash markazi, shuningdek yirik ishlab chiqarish korxonalari “O‘ztemiryo‘lmashta’mir” UK, “Toshkent yo‘lovchi vagonlarni ta’mirlash va qurish zavodi” AJ, “O‘ztemiryo‘lyo‘lovchi” AJ, “Avtoyo`lta`mir” UK, “Avtomagistral” UK, “Trans yo`lqurilish” DUK va boshqa qator tizimlar bilan ilmiy-izlanishlar yo‘nalishida ham keng qamrovli aloqalarni yo‘lga qo‘ygan, bu aloqalar doirasida etakchi professor-o‘qituvchilar tomonidan mazkur tizimlar faoliyatiga taalluqli ishlab chiqarishga xos iqtisodiy muammolarni hal qilishga qaratilgan ikki tomonlama manfaatli ilmiy izlanishlar olib bormoqda. Xususan, mazkur tizim birliklari buyurtmalariga muvofiq, amaliy, fundamental va innovatsion yo‘nalishda ilmiy izlanishlar olib borilmoqda, bu ilmiy ishlar mazkur tizimlar ishini tashkil etishni yanana takomillashuviga, ularning iqtisodiy ko‘rsatkichlarini, faoliyati moliyaviy natijalarini yanada yaxshilanishiga olib kelmoqda.

Fakultet professor-o‘qituvchilari va talabalari xo‘jalik yuritishning yangicha sharoitida transport resurslarini oqilona va samarali boshqarish, transport infratuzilmasini xarajatlarini baholash kabi yangi yo‘nalishlar hisobiga o‘z ilmiy-tadqiqot ishlarini takomillashtirmoqdalar hamda qamrovi va ko‘lamini kengaytirmoqdalar.

Fakultetda talabalar o‘rganadigan 80 dan ko‘p fanlar uchun ma’ruza matnlari, o‘quv va ishchi dasturlar, amaliyot mashg‘ulotlari, kurs loyiha ishlari, barcha turdagi amaliyotlar, malakaviy bitiruv ishlari va magisterlik dissertatsiyalari uchun uslubiy ko‘rsatmalar ishlab chiqilgan.

O‘quv jarayonida ilg‘or pedagogik texnologiyalar, interaktiv ta’lim usullardan keng foydalanilmoqda. Mustaqil va kurs loyiha ishlari, bitiruv malakaviy ishlarni bajarishda informatsion texnologiya vositalaridan keng foydalanib kelinmoqda.

Fakultet faoliyati yagona maqsadga, Respublikamiz transport infratuzilmasi uchun yetuk iqtisodiy va moliyaviy kadrlar tayyorlash markazi bo‘lish va sohaning mehnat bozorini malakali mutaxassislar bilan ta’minlashga qaratilgan.